NEBNext®RNA 去除核心试剂 – 含 RNA 纯化磁珠 货 号 #E7870L-NEB酶试剂

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产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于所有测序平台/模块和酶

NEBNext®RNA 去除核心试剂 – 含 RNA 纯化磁珠                              收藏

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#E7870L
24 次反应
11,559.00

#E7870S
6 次反应
3,139.00

#E7870X
96 次反应
41,579.00

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相关产品:

 NEBNext® RNA 去除核心试剂

产品特点:

 RNAse-H 的高效工作流程结合在线工具设计的紧密间距探针,无论 RNA 质量高低,无论 RNA 起始量多少,都能高效去除 rRNA

 

    ·   使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 设计的探针序列,可从任意物种中去除不需要的 RNA

    ·   起始量范围广:10 ng – 1 μg

    ·  同时适用于低质量和高质量 RNA 样本

    ·   超快速工作流程:仅需 2 小时,手动操作时间少于 10 分钟

   ·   可提供 RNAClean® 磁珠

概述:

 RNA-seq 中,高丰度转录本如核糖体 RNArRNA)会占据绝大部分测序数据,但它的生物学意义极低,并会掩盖那些具有真正生物学意义的低丰度转录本的检测。当某种样品没有相应的 RNA 去除试剂盒时,这一挑战变的更为严峻。NEBNext® RNA 去除核心试剂提供客户定制,可以从任意物种中去除不需要的 RNA,探针设计工具操作简单方便(NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool)。

工作流程:

 通过联合使用 NEB 提供的 NEBNext® RNA 去除核心试剂和客户自行设计定制的探针,去除不需要的 RNA,工作流程如下:

第一步:使用在线的 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool,输入目标 RNA 序列,获得定制的探针序列。

第二步:从您信任的供应商处订购 ssDNA 寡核苷酸探针。

第三步:探针与 NEBNext® 定制 RNA 去除核心试剂一起使用,或与其它 NEBNext® RNA 去除试剂盒联合使用。

产品描述:

 NEBNext®RNA 去除核心试剂 - 含 RNA 纯化磁珠            货   号                  #E7870L

不同起始量、不同物种的样本,NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒均能高效去除目标 RNA,富集目的 RNAs使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊、超嗜热原始菌激烈火球菌rRNA 设计探针。使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 1 µg100 ng 10 ng RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从每个文库中抽取(seqtk2000 万个 Reads。使用 Mirabait6 个或更多25-mers)鉴定 rRNA残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值结果表明:不同起始量(1 µg – 10 ng)、不同物种的样本,NEBNext® 定制 RNA 去除方法均能高效去除目标 RNA

 

NEBNext®RNA 去除核心试剂 - 含 RNA 纯化磁珠            货   号                  #E7870L

 

使用 NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒去除目标 RNA,不会影响目的转录本的丰度使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊的 rRNA 设计探针。埃及伊蚊成虫(Benzon Research)。使用 Monarch® 总 RNA 小量提取试剂盒NEB #T2010S)从埃及伊蚊成虫(Benzon Research)中提取总 RNA使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 100 ng 10 ng RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从去除后的文库中抽取(seqtk2000 万个 Reads,从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。使用 Salmon 和来自 VectorbaseAaegL5.2 assembly)的转录本计算转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。 A 表明:去除不影响目的转录本的丰度。 B 表明:不同起始量在多次重复实验中转录本丰度保持一致。

 

NEBNext®RNA 去除核心试剂 - 含 RNA 纯化磁珠            货   号                  #E7870L

 

组合探针能有效去除人 rRNA 和线粒体 mRNA使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对人线粒体 mRNA 设计探针。设计的探针与 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)的探针组合使用。使用组合探针从 1 µg 人通用参考总 RNAAgilent®)中去除线粒体 RNA rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从每个文库中抽取(seqtk2000 万个 Reads。图(A)使用 Mirabait6 个或更多25-mers)鉴定 rRNA 和线粒体 RNA残留的 rRNA mtRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。rRNA 和线粒体 RNA 都被有效地去除。图 B IGV 图显示了人类线粒体基因上的覆盖度。

 

实验流程:

NEBNext®RNA 去除核心试剂 - 含 RNA 纯化磁珠            货   号                  #E7870L