NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端）

NEBNext 多样本接头引物试剂盒 3 （96 种 Unique 双端）

NEBNext 多样本接头引物试剂盒 4 （96 种 Unique 双端）

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NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（96 种 Unique 双端）

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NEBNext 酶学转化法甲基化建库相关产品

NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒

NEBNext 甲基化建库酶学转化法模块

NEBNext Q5U™ 预混液

NEBNext 酶学转化法甲基化建库多样本接头引物（双端检索引物）

虽然重亚硫酸盐测序是研究 DNA 甲基化的金标准，但这种转化方式会对DNA 造成损伤，导致 DNA 断裂、丢失和 GC 偏嗜。NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒 (EM-seq^™) 提供了一种酶学方法代替全基因组重亚硫酸盐处理 DNA (WGBS) 的方法，并结合高效流程化的建库步骤，适用于 Illumina 平台测序。高效的 EM-Seq 酶促转化可最大程度地减少对DNA的损伤，结合提供的 NEBNext Ultra II 文库制备流程，最终产生的高质量文库可以从有限的测序数据中更灵敏的检测到 5-mC 和 5-hmC。

更卓越的 5-mC 和 5-hmC 检测灵敏度

更高的比对率

更均一的 GC 覆盖度

能从有限的测序数据检测到更多的 CpG 位点

更均一的二核苷酸分布

更长的文库插入片段

更高效的建库流程

提供转化模块

EM-Seq 能得到更高的文库产量。采用Covaris S2 仪器将 10 ng、50 ng 和 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。上述所有起始量，EM-Seq 都能使用更少的 PCR 循环得到更高的文库产量，表明 EM-Seq 显著减少了 WGBS 方法中的 DNA 损失。误差条表示标准差。

NEBNext 酶学转化法甲基化文库可获得更长的插入片段 。采用Covaris^® S2 仪器将 50 ng 人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold^™ 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。两个文库均使用 Illumina MiSeq (2 X 76 bases) 测序，片段大小采用 Picard 2.18.14 测定。图中绘制了每个插入片段出现的频率标准化后的数据，结果如图：EM-Seq 建库后的插入片段比 WGBS 方法得到的插入片段更长，说明：酶学转化法不会对 DNA 造成损伤，而重亚硫酸盐处理的 DNA 有严重损伤。

A: CpG 位点检测：通过分析 3.24 亿双端数据得到 EM-Seq 和 WGBS 文库的 CpG 位点覆盖度，其中每条链都独立计数，最终得到最多 5600 万个可能的 CpG 位点。结果显示：EM-Seq 在更低测序深度能检测到更多的 CpG 位点。

B: GC 覆盖度：使用 Picard 2.17.2 计算 GC 覆盖度，图中显示不同 GC 含量时 (0-100%)，标准化后覆盖度的分布情况。结果显示：EM-Seq 文库显著提高 GC 覆盖度的均一性，无 AT 过度测序，也无 GC 测序不足，后两项都是 WGBS 文库的典型缺陷。

图中显示了 EM-Seq 和 WGBS 两种方法在不同起始量，至少 1X 和 8X 测序深度下检测到的独有和共有的 CpG 位点。EM-Seq 在至少 1X 测序深度下比 WGBS 多检测到 20% 以上的 CpG 位点。而在至少 8X 测序深度下，CpG 位点覆盖度差异增加至 2 倍。

NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 UMI 接头，适用于 RNA）

·接头引物可用于 PCR-free 的文库扩增 

 ·  高效稳定的连接效率

 ·  更灵敏地检测低频单核苷酸变异（SNV）

 · 可支持更高通量

 用于 Illumina^® 平台的 NEBNext^® 多样本接头引物是 NEBNext^® 文库制备系列产品的重要组成部分，有多种不同的产品可用于 NEBNext^® 产品或其它标准的 Illumina^® 平台兼容的文库制备流程。该产品经设计和优化，适用于包括 PCR-free 在内的 DNA 测序流程。这些独特的双端检索引物接头还分别包含一段唯一的分子标签序列（UMI），以便识别和删除扩增文库中的 PCR 错误或重复。提供 96 个独特的、预混的含有 UMIs 的接头引物，包装在一个一次性的密封着可穿刺的铝箔封板膜 96 孔板中。PCR 扩增需要的通用引物也包含在内。

可提供适用于 RNA 测序的 NEBNext® Unique 双端 UMI 接头（NEB #E7416），也可提供单端、双端和 Unique 双端引物以及优化的接头。

NEBNext^® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 UMI 接头，适用于 DNA）可实现更高的连接效率。A）以 100 ng、250 ng 和 500 ng 的人 NA19240 基因组 DNA（Coriell Institute for Biomedical Research）为起始样本，使用 NEBNext^® Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E6177）和图中相应供应商提供的接头引物制备文库，不进行 PCR 扩增。连接后，使用 SPRIselect 磁珠进行两轮纯化，使用 NEBNext^® 文库定量试剂盒（NEB #E7630）对文库进行定量。B)以 100 ng NA19240 基因组 DNA 为起始样本，使用 Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒在 96 孔板中制备 90 个文库，供应商提供的 30 个接头引物如图所示，不进行 PCR 扩增。两轮磁珠纯化后，进行 qPCR 定量。

NEBNext^® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 UMI 接头，适用于 DNA）可更灵敏地检测低频变异。AcroMetrix 肿瘤 Hotspot Control DNA（Thermo Scientific^® #969056）作为突变 DNA 源（>500个突变，等位基因频率为 5-35%），以不同比例与 NA19240 基因组 DNA 混合，产生一系列不同的等位基因频率。使用 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）和 NEBNext^® Unique 双端 UMI 接头制备文库，并使用 Twist Bioscience^® 的 152 个基因的定制 panel 对所有样本进行多重杂交捕获。文库使用 Illumina NovaSeq^® 测序，Reads 被降采样至 1.1 亿，并使用 BWA MEM（0.7.17）比对至 hg38。在不使用 UMI 序列或构建 UMI 共有序列（Fgbio 0.8.1）的情况下，使用 MarkDuplicates（Picard 2.20.6）分析比对上的 reads。使用 Strelka2（2.9.10）从最终的 BAM 文件中分析体细胞突变。（A）当使用 UMIs 删除重复序列，所得的 SNV 总数和正确的数量都增加。（B）用 UMI 进行共有序列比较，能提高检测灵敏度。等位基因频率越低，UMIs 在 SNV 检测中的优势就越大。

 NEBNext^® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 UMI 接头，适用于 DNA）

·  高效稳定的连接效率

·  可支持更高通量

· 专为 RNA 文库优化

·  更准确地测定转录本丰度

 用于 Illumina^® 平台的 NEBNext® 多样本接头引物是 NEBNext^® 文库制备系列产品的重要组成部分，有多种不同的产品可用于 NEBNext^® 产品或其它标准的 Illumina^® 平台兼容的文库制备流程。该产品（Unique 双端 UMI 接头，适用于 RNA，NEB #7416）为 RNA 测序流程设计和优化。这些独特的双端检索引物接头还分别包含一段唯一的分子标签序列（UMI），包含一个独特的分子条形码（UMI）序列，以便更准确地分析转录组。通用引物也包含在内。

可提供适用于 DNA 测序的 NEBNext® Unique 双端 UMI 接头（NEB #E7395），也可提供单端、双端和 Unique 双端引物以及优化的接头。

NEBNext^® Unique 双端 UMI 接头具有同样有效的连接和随后扩增。

A：以通用人参考 RNA（Agilent ＃740000）为起始样本，使用 NEBNext® Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）富集后，使用 NEBNext^® Ultra II RNA 定向文库制备试剂盒（NEB #E7760）制备 96个文库。使用 Agilent Tapestation 4200 评估建库产量，通过将单个文库产量除以 96 个所有文库的平均产量对文库进行标准化。所有 96 个 Unique 双端 UMI 接头的一致性和连接效率都很高。每个条形图代表至少 2 个技术重复的平均值。

B：NEBNext® Unique 双端 UMI 接头具有均一的聚类效率。文库使用 Illumina NextSeq® 500（PE70）测序。每个文库预计占测序 reads 总数的1.04%。通过将实际的 reads 数除以预期的 reads 数对文库产量进行标准化。96 个 Unique 双端 UMI 接头均未出现偏差。

相较于其它 UMI 接头竞品，NEBNext Unique 双端 UMI 接头性能更优越。

以通用人参考 RNA 为起始样本，使用 NEBNext® Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）富集后，使用 NEBNext® Ultra II RNA 定向文库制备试剂盒（NEB #E7760）制备文库。

A：以 10 ng、100 ng 和 1,000 ng 的总 RNA 为起始样本，图中显示了三个重复的平均文库产量。使用 NEBNext® Unique 双端 UMI 接头或 IDT xGen 双端接头进行接头连接。使用 Agilent Tapestation 4200 评估最终建库产量
B：文库使用 Illumina NextSeq® 500（PE70）测序。Reads 被降采样（seqtk）至 500 万，并使用 HISAT 2.1 比对至 GRCh38 参考基因组。使用 fgbio（AnnotateBamWithUmis）添加 UMI 信息，并使用 MarkDuplicates（Picard 2.18.2.1）标记含有 UMI 的 reads 和检测重复率。NEBNext® Unique 双端 UMI 接头产生的文库产生的重复更少。