海尔洁净工作台HCB-1300V

海尔洁净工作台HCB-1300V

产品型号: HCB-1300V 品  牌: 海尔

洁净空间 健康你我*局部净化装置,可用于制药、医疗卫生、高校科研实验室、光电/微电子制造等领域。产品优势:紫外灯延时启动,远离紫外伤害
杀菌预约功能,给用户更多休息
采用世界AAF防潮、阻燃玻璃纤维高效过滤器(HEPA)99.99%@0.3um
空气洁净度符合ISO14644.1的5级标准,优于100级洁净标准要求
预洁净功能-国内独有的前期预洁净功能,进一步提高对样品的保护功能特点:内嵌式照明,眼睛不疲劳
内嵌式照明,避免日光灯对眼睛的照射,眼睛不疲劳
一键式操作,便捷省心
紫外灯定时关闭功能,杀菌时间0~99分钟内可调
互锁功能,屏蔽误操作风险
照明灯和紫外灯互锁,在关闭照明灯情况下,紫外灯才能点亮,紫外灯点亮时,启动日光灯后,紫外灯随即关闭,将误操作风险将为零人性化设计:人体工学设计,工作更轻松
台面距地面800mm高,站立、坐式操作均适宜,不易疲劳,轻松工作
紫外杀菌延时启动,远离紫外线伤害
紫外灯开关按下后,声光提醒操作者及时离开,延时10秒钟后紫外灯点亮,保护操作者免受紫外照射伤害
杀菌预约功能,给用户更多休息,更高效率
具有紫外杀菌定时启动预约功能,给用户更多休息,提高工作效率参数表:

产品型号 外形尺寸(宽×深×高mm) 工作区尺寸(宽×深×高mm) 气流流型 洁净度等级 平均风速
HCB-1600H 1780×792×1960 1710×550×750 水平流 100级 0.3-0.5m/s
HCB-1300V 1370×620×1730 1300×550×520 垂直流 100级 0.2-0.5m/s
HCB-900V 970×610×1730 900×530×520 垂直流 100级 0.2-0.5m/s
产品型号 照度(Lx) 噪音(dB) 震动幅值 功率 建议使用人数
HCB-1600H ≥1000 ≤60 ≤3μm 350W 1-2人
HCB-1300V ≥600 ≤60 ≤2μm 1200W 1-2人
HCB-900V ≥400 ≤60 ≤2μm 1200W 1
 

TaqI-v2 货 号 #R0149L-NEB酶试剂

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产品资料 – 限制性内切酶 – 限制性内切酶

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TaqI-v2                    货   号                  #R0149L TaqI-v2                    货   号                  #R0149L TaqI-v2                    货   号                  #R0149L TaqI-v2                    货   号                  #R0149L TaqI-v2                    货   号                  #R0149L TaqI-v2                    货   号                  #R0149L TaqI-v2                    货   号                  #R0149L TaqI-v2                    货   号                  #R0149L

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#R0149L
20,000 units
2,899.00

#R0149M
(高浓度5X)20,000 units
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4,000 units
699.00

#R0149T
(高浓度5X)4,000 units
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#R0149V
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TaqI-v2                    货   号                  #R0149L

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在不同反应缓冲液的活性

NEBuffer 1.1: 50%
NEBuffer 2.1: 75%
NEBuffer 3.1: 100%
CutSmart Buffer: 100%

特性

CutSmart、重组酶、省时酶。

反应条件

CutSmart 缓冲液,65℃。
热失活:80℃ 20 分钟。

浓度

20,000 和 100,000 units/ml。

37℃ 时活性

10%。

甲基化敏感性

dam 甲基化敏感。

Ph.D.-12 噬菌体展示肽库试剂盒 v2 货 号 #E8210S-NEB酶试剂

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产品资料 – 糖生物学与蛋白质工具 – 噬菌体展示

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#E8210S
10 panning experiments
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说明

 本产品可直接替代 NEB #E8110S,Ph.D.™-12 噬菌体展示肽库试剂盒

特性

 Ph.D.-12™ 噬菌体展示肽库试剂盒 v2 包含 Ph.D.-12 噬菌体展示肽库、淘选实验中用作对照的DYKDDDDK 小鼠单克隆抗体、Protein G 磁珠,以及足够 >50 个测序反应的 -96 gIII 测序引物。Ph.D.-12 噬菌体展示肽库是一种随机 12 肽组合库,随机多肽与 M13 噬菌体的次要外壳蛋白(pIII)的 N 端融合表达。该肽库由约 109 种电转化(即独特的)的序列组成。

·即用型噬菌体肽库完整试剂盒(约 109 个克隆)
·新增用于对照淘选实验的单克隆抗体和 Protein G 磁珠
·相比之前的靶蛋白(链霉亲和素),对 DYKDDDDK 小鼠单克隆抗体能淘选出更可靠的表位结果
·不需要辅助噬菌体进行扩增
·利用表型和基因型之间的固有关联,在单个微量滴定孔或 EP 管中对数十亿个克隆进行筛选
 

概述

 噬菌体展示是一种体外筛选技术。它可以将一系列多肽或蛋白质库展示在噬菌体颗粒的外部,而编码这些蛋白的 DNA 则位于病毒颗粒内部 (1-3)。利用展示蛋白与其编码 DNA 之间的关联,我们可以通过一种称为“生物淘选”的体外筛选方法 (4),快速筛选出与给定靶分子(抗体、酶、细胞表面受体等)亲和结合的噬菌体展示肽。最简单的淘选方法是(见图 1):将展示不同多肽的噬菌体库与固定在平板或小珠上的靶分子孵育,先洗去未结合的噬菌体,而后洗脱特异性结合的噬菌体,扩增洗脱下的噬菌体。重复上述结合/扩增过程,使与靶分子结合的多肽序列的噬菌体得到富集。经过 3-4轮筛选后,每个克隆通过 DNA 测序或 ELISA 鉴定克隆。

 
Ph.D.-12 噬菌体展示肽库试剂盒 v2 的主要原理是将随机 12 肽库融合表达于 M13 噬菌体次要外壳蛋白 (pIII) 的 N 端(5-9)。随机 12 肽和野生型 pIII 序列之间,是一个短间隔序列(Gly-Gly-Gly)。该肽库由约 109 种电转化的序列扩增一次后获得,在 10 μl 提供的噬菌体肽库中,每种序列大约 100 个拷贝。
 
展示肽的连接形式:X12-GGG-野生型 M13 pIII
 
图 1:对展示于五价 pIII 蛋白上的多肽库进行淘选。
 
Ph.D.-12 噬菌体展示肽库试剂盒 v2            货   号                  #E8210S
 
特点:
·即用型噬菌体肽库完整试剂盒,利用表型和基因型之间的固有关联,能在单个微量滴定孔或 EP 管中对数十亿个克隆进行筛选;
·对照淘选实验不需要封闭步骤,避免了噬菌体与塑料板发生非特异性结合;
·使用 Protein G 磁珠进行对照淘选实验,减少了繁琐的板/孔洗涤步骤;
·随机区域足够长(12-mer),能够在分子内形成二级结构,以及在固定位置之间存在序列间隙;
·不需要辅助噬菌体进行扩增;
·利用简单的分子生物学和无菌培养技术,在不到一周的时间内筛选到特异性结合的多肽;
·提供 -96 gIII 测序引物 (500 pmol),支持 >50 次测序反应。
 
注意事项
·对于 >30 天的长期储存,建议在 -80°C 条件下储存大肠杆菌 K12 ER2738。
·Protein G 磁珠应储存在 4°C,以防止因冷冻而损坏。
·原始版本 (NEB #E8110) 和新版本 (v2) 试剂盒 (NEB #E8210) 所提供的 Ph.D.-12 噬菌体展示肽库(NEB #E8111)完全一样。
·M13 与大多数缓冲液兼容; 然而,洗脱缓冲液可能会受到扩增所需的大肠杆菌培养条件的限制。如果使用二代测序,可以省略用于富集噬菌体库的扩增步骤。参阅最新文献以获取操作说明。
·提供的 -96 gIII 测序引物 (500 pmol) 支持 >50 次测序反应。
 
参考文献
1. Sidhu, S.S. (2000). Curr. Opin. Biotechnol.. 11, 610-616.
2. Rodi, D.J. and Makowski, L. (1999). Curr. Opin. Biotechnol. . 10, 87-93.
3. Wilson, D.R. and Finlay, B.B. (1998). Can. J. Microbiol.. 44, 313-229.
4. Parmley, S.F. and Smith, G.P. (1998). Gene. 73, 305-313.
5. Scott, J.K. and Smith, G.P. (1990). Science. 249, 386-390.
6. Whaley, S.R. et al. (2000). Nature. 405, 665-668.
7. Noren, K.A. and Noren, C.J. (2001). Methods. 23, 169-178.
8. Rozinov, M.N. and Nolan, G.P (1998). Chem. Biol.. 5, 713-728.
9. Rodi, D.J. et al. (1999). J. Mol. Biol.. 285, 197-203.
 

 

Ph.D.-7 噬菌体展示肽库试剂盒 v2 货 号 #E8211S-NEB酶试剂

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产品资料 – 糖生物学与蛋白质工具 – 噬菌体展示

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#E8211S
10 panning experiments
7,859.00

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说明

 本产品可直接替代 NEB # E8100S,Ph.D.™-7 噬菌体展示肽库试剂盒

特性

 Ph.D.-7™ 噬菌体展示肽库试剂盒 v2 包含 Ph.D.-7 噬菌体展示肽库、淘选实验中用作对照的DYKDDDDK 小鼠单克隆抗体、Protein G 磁珠,以及足够 >50 个测序反应的 -96 gIII 测序引物。Ph.D.-7 噬菌体展示肽库是一种随机 7 肽组合库,随机多肽与 M13 噬菌体的次要外壳蛋白(pIII)的 N 端融合表达。该肽库由约 109 种电转化(即独特的)的序列组成。

 
·即用型噬菌体肽库完整试剂盒(约 109 个克隆)
·新增用于对照淘选实验的单克隆抗体和 Protein G 磁珠
·相比之前的靶蛋白(链霉亲和素),对 DYKDDDDK 小鼠单克隆抗体能淘选出更可靠的表位结果
·不需要辅助噬菌体进行扩增
·利用表型和基因型之间的固有关联,在单个微量滴定孔或 EP 管中对数十亿个克隆进行筛选
 

概述

噬菌体展示是一种体外筛选技术。它可以将一系列多肽或蛋白质库展示在噬菌体颗粒的外部,而编码这些蛋白的 DNA 则位于病毒颗粒内部 (1-3)。利用展示蛋白与其编码 DNA 之间的关联,我们可以通过一种称为“生物淘选”的体外筛选方法 (4),快速筛选出与给定靶分子(抗体、酶、细胞表面受体等)亲和结合的噬菌体展示肽。最简单的淘选方法是(见图 1):将展示不同多肽的噬菌体库与固定在平板或小珠上的靶分子孵育,先洗去未结合的噬菌体,而后洗脱特异性结合的噬菌体,扩增洗脱下的噬菌体。重复上述结合/扩增过程,使与靶分子结合的多肽序列的噬菌体得到富集。经过 3-4轮筛选后,每个克隆通过 DNA 测序或 ELISA 鉴定克隆。
 
Ph.D.-7 噬菌体展示肽库试剂盒 v2 的主要原理是将随机七肽库融合表达于 M13 噬菌体次要外壳蛋白 (pIII) 的 N 端(5-9)。随机七肽和野生型 pIII 序列之间,是一个短间隔序列(Gly-Gly-Gly)。该肽库由约 109 种电转化的序列扩增一次后获得,在 10 μl 提供的噬菌体肽库中,每种序列大约100 个拷贝。
 
展示肽的连接形式:X7-GGG-野生型 M13 pIII
 
图 1:对展示于五价 pIII 蛋白上的多肽库进行淘选。
 
Ph.D.-7 噬菌体展示肽库试剂盒 v2            货   号                  #E8211S
 
特点:
·对照淘选实验不需要封闭步骤,避免了噬菌体与塑料板发生非特异性结合;
·使用 Protein G 磁珠进行对照淘选实验,减少了繁琐的板/孔洗涤步骤;
·即用型噬菌体肽库完整试剂盒,提供了理论上所有可能出现的七肽序列(207 = 1.28 x 109);利用表型和基因型之间的固有关联,能在单个微量滴定孔或 EP 管中对数十亿个克隆进行筛选;
·不需要辅助噬菌体进行扩增;
·利用简单的分子生物学和无菌培养技术,在不到一周的时间内筛选到特异性结合的多肽;
·提供 -96 gIII 测序引物 (500 pmol),支持 >50 次测序反应。
 
注意事项
·对于 >30 天的长期储存,建议在 -80°C 条件下储存大肠杆菌 K12 ER2738。
·Protein G 磁珠应储存在 4°C,以防止因冷冻而损坏。
·原始版本 (NEB #E8100) 和新版本 (v2) 试剂盒 (NEB #E8211) 所提供的 Ph.D.-7 噬菌体展示肽库 (NEB #E8102) 完全一样。
·M13 与大多数缓冲液兼容; 然而,洗脱缓冲液可能会受到扩增所需的大肠杆菌培养条件的限制。如果使用二代测序,可以省略用于富集噬菌体库的扩增步骤。参阅最新文献以获取操作说明。
·提供的 -96 gIII 测序引物 (500 pmol) 支持 >50 次测序反应。
 
参考文献
1. Sidhu, S.S. (2000). Curr. Opin. Biotechnol.. 11, 610-616.
2. Rodi, D.J. and Makowski, L. (1999). Curr. Opin. Biotechnol. . 10, 87-93.
3. Wilson, D.R. and Finlay, B.B. (1998). Can. J. Microbiol.. 44, 313-229.
4. Parmley, S.F. and Smith, G.P. (1998). Gene. 73, 305-313.
5. Scott, J.K. and Smith, G.P. (1990). Science. 249, 386-390.
6. Whaley, S.R. et al. (2000). Nature. 405, 665-668.
7. Noren, K.A. and Noren, C.J. (2001). Methods. 23, 169-178.
8. Rozinov, M.N. and Nolan, G.P (1998). Chem. Biol.. 5, 713-728.
9. Rodi, D.J. et al. (1999). J. Mol. Biol.. 285, 197-203.
 

 

NEBNext DNA 双链片段化酶反应缓冲液 v2 货 号 #B0349S-NEB酶试剂

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产品资料 – Buffers – Buffers

NEBNext DNA 双链片段化酶反应缓冲液 v2                              收藏

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#B0349S
6 ml
449.00

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概述

New England Biolabs supplies a 10X reaction buffer with all of its enzymes. At a 1X concentration this reaction buffer assures optimal activity of the enzyme. 

贮存条件

Storage Temperature

-20°C

1X NEBNext DNA 双链片段化酶反应缓冲液 v2

20 mM Tris-HCl

15 mM MgCl2

50 mM NaCl

0.1 mg/ml BSA

0.15% Triton® X-100  

pH 7.5@25°C

BtsI-v2 货 号 #R0667L-NEB酶试剂

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产品资料 – 限制性内切酶 – 限制性内切酶

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500 units
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BtsI-v2                    货   号                  #R0667L

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在不同反应缓冲液的活性

NEBuffer 1.1: 100%
NEBuffer 2.1: 100%
NEBuffer 3.1: 25%
CutSmart Buffer: 100%

特性

CutSmart、重组酶、省时酶。

反应条件

CutSmart 缓冲液,55℃。

浓度

10,000 units/ml。

37℃ 时活性

75%。

甲基化敏感性

dam、dcm 和哺乳动物 CpG 甲基化均不敏感。

注意事项

如下条件可能出现星号活性:延时酶切、高酶浓度或甘油浓度 > 5%。

AleI-v2 货 号 #R0685L-NEB酶试剂

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AleI-v2                    货   号                  #R0685L AleI-v2                    货   号                  #R0685L AleI-v2                    货   号                  #R0685L AleI-v2                    货   号                  #R0685L AleI-v2                    货   号                  #R0685L AleI-v2                    货   号                  #R0685L AleI-v2                    货   号                  #R0685L AleI-v2                    货   号                  #R0685L

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2500 units
3,499.00

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500 units
869.00

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AleI-v2                    货   号                  #R0685L

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反应条件

 CutSmart 缓冲液,37℃。

热失活:65℃ 20 分钟。
 

浓度

 10,000 units/ml

甲基化敏感性

 CpG 重叠后部分阻断

BsmBI-v2 货 号 #R0739L-NEB酶试剂

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BsmBI-v2                     货   号                  #R0739L BsmBI-v2                     货   号                  #R0739L BsmBI-v2                     货   号                  #R0739L BsmBI-v2                     货   号                  #R0739L BsmBI-v2                     货   号                  #R0739L BsmBI-v2                     货   号                  #R0739L BsmBI-v2                     货   号                  #R0739L BsmBI-v2                     货   号                  #R0739L BsmBI-v2                     货   号                  #R0739L

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#R0739L
1,000 units
3,629.00

#R0739S
200 units
839.00

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BsmBI-v2                     货   号                  #R0739L

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通知

 请注意:该酶是BsmBI(R0580)的升级替代产品。

描述

 BsmBI-v2(R0739) 是一款 IIS 型限制性内切酶,其为 Esp3I 的同裂酶。BsmBI-v2 为 BsmBI(R0580)的升级替代产品,该酶被改造以在Golden Gate组装(无缝克隆)实验中具有更佳性能。NEB 使用 “v2”或“HF”来命名人工改造过的酶。

特性

省时酶,5-15分钟完成酶切

应用于 Golden Gate 组装
IIS 型内切酶,识别非对称序列,在识别序列之外切割 DNA
随酶提供紫色凝胶上样染料(NEB #B7024)
 

浓度

 10,000 units/ml。

在不同反应液中的活性

CutSmart® Buffer: 25%

NEBuffer™ 1.1: <10%
NEBuffer™ 2.1: 50%
NEBuffer™ 3.1: 100%
 

反应条件

1X  NEBuffer™ 3.1 缓冲液,55°C。

热失活:80°C,20 分钟。
 

单位定义

 1 单位指在 50 µl 反应体系中,55℃ 温育 1 小时,消化 1 µg λDNA 所需的酶量。

甲基化敏感性

 对哺乳动物 CpG 甲基化敏感。

注意事项

 37℃ 时活性:10%

PsiI-v2 货 号 #R0744L-NEB酶试剂

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产品资料 – 限制性内切酶 – 限制性内切酶

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PsiI-v2                    货   号                  #R0744L PsiI-v2                    货   号                  #R0744L PsiI-v2                    货   号                  #R0744L PsiI-v2                    货   号                  #R0744L PsiI-v2                    货   号                  #R0744L PsiI-v2                    货   号                  #R0744L PsiI-v2                    货   号                  #R0744L PsiI-v2                    货   号                  #R0744L

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#R0744L
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PsiI-v2                    货   号                  #R0744L

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描述

 PsiI-v2 PsiI 的升级替代产品

在不同反应液中的活性

CutSmart Buffer: 100%

NEBuffer 1.1: 25%

NEBuffer 2.1: 50%

NEBuffer 3.1: 10%

特性

 CutSmart、重组酶。

反应条件

 1X  CutSmart 缓冲液,37℃。

热失活:65 20 分钟。

浓度

 10000 units/ml

甲基化敏感性

  damdcm 和哺乳动物 CpG 甲基化均不敏感。

注意事项

 甘油浓度 > 5% 条件下可能出现星号活性。

BsaI-HF®v2(星选酶) 货 号 #R3733L-NEB酶试剂

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产品资料 – 限制性内切酶 – 高保真限制性内切酶

BsaI-HF®v2(星选酶)                              收藏

BsaI-HF®v2(星选酶)                      货   号                  #R3733L BsaI-HF®v2(星选酶)                      货   号                  #R3733L BsaI-HF®v2(星选酶)                      货   号                  #R3733L BsaI-HF®v2(星选酶)                      货   号                  #R3733L BsaI-HF®v2(星选酶)                      货   号                  #R3733L BsaI-HF®v2(星选酶)                      货   号                  #R3733L BsaI-HF®v2(星选酶)                      货   号                  #R3733L BsaI-HF®v2(星选酶)                      货   号                  #R3733L BsaI-HF®v2(星选酶)                      货   号                  #R3733L BsaI-HF®v2(星选酶)                      货   号                  #R3733L

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#R3733L
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BsaI-HF®v2(星选酶)                      货   号                  #R3733L

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反应条件

 CutSmart 缓冲液,37℃。

 热失活:80℃ 20 分钟。
 

浓度

 浓度:20,000 units/ml。

甲基化敏感性

 对 dcm 和哺乳动物基因组 DNA CpG 甲基化敏感

NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2 货 号 #E7360L-NEB酶试剂

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产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于所有测序平台:DNA 修复

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#E7360L
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产品特点

该新产品进一步提升了二代测序(NGS)流程中 FFPE DNA 的修复效果

概述

 FFPE 是福尔马林固定石蜡包埋样本,由于其固定和保存的方法,给其中的 DNA 造成严重损伤,因此从 FFPE 样本中获取高质量的序列数据就变得具有挑战性。NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 是一种优化的酶混合物,旨在修复 FFPE 样本 DNA,同时配有经过优化的试剂,能实现更精简的 NGS 文库制备流程。

NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 包含经过优化的酶和缓冲液,可在二代测序流程中以更精简的方式修复 FFPE DNA。
 
NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 在第一代 NEBNext® FFPE DNA 修复混合液的基础上提升了性能:
对于 FFPE DNA 具有更高的修复效率。
更精简的 NGS 文库制备流程。
更方便的反应缓冲液,包含高效修复 FFPE DNA 和随后的末端修复/加 dA 尾所需的所有缓冲液。
使用热敏蛋白酶 K 进行纯化后无需纯化,可直接进入建库步骤。
 
FFPE DNA 的损伤类型及 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 的修复能力。
 NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L
 
NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 与 NEBNext® UltraII DNA 文库制备试剂盒实验流程
NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L
 

产品描述

 

NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L

NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复不同质量的 FFPE DNA 后,都能进行高效的文库制备。选用 25 ng 不同质量和组织来源的 Covaris® 超声打断后的 FFPE DNA 样本制备文库。使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复后使用 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)建库,共进行 9 个 PCR 循环。使用 Agilent® HS D1000 TapeStation® 进行文库定量。NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 根据起始 DNA 的质量和损伤类型,不同程度地提高 FFPE 文库的产量。误差条表示每个文库样本两次重复的标准差。

NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L

使用 NEBNext® 发夹结构接头和 Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复 5 – 250 ng FFPE DNA 后,都能进行高效的文库制备。选用 5 ng、50 ng 和 250 ng 三种不同质量的正常肝脏 FFPE DNA 样本制备文库,比较使用和不使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复的文库制备效果。使用 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)和(a)NEBNext® 发夹结构接头,针对 5 ng、50 ng 和 250 ng 三种起始 DNA 分别使用 11、8 和 6 个 PCR 循环制备文库,以及(b)NEBNext® Unique 双端 Index 引物,UMI 接头(NEB #E7395),针对 5 ng、50 ng 和 250 ng 三种起始 DNA 分别使用 11、8 和 6 个 PCR 循环制备文库。使用 Agilent® HS D1000 TapeStation® 进行文库定量,图中绘制了 2 个文库(5 和 50 ng)和 1 个重复(250 ng)的平均产量。误差条表示 5 和 50 ng 文库重复的标准差。使用 NEBNext® 发夹结构接头和 Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,针对 5 ng 至 250 ng 的 FFPE DNA 样本,NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 都能进行高效的文库制备。

NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L

NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 能提高各项文库质量指标,包括比对率、正确匹配的双端 reads 和嵌合序列。选用三份 50 ng 不同质量的正常肝脏 FFPE DNA 样本(使用或未使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复),采用 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)制备文库。使用 Illumina NextSeq® 500 测序。向下抽样 100 万个双端 Reads,并使用 Bowtie2(v2.3.2)将 Reads 与 GRCh38 人类参考基因组(RefSeq 884148)进行比对。使用 MarkDuplicates(v1.56.0)分析比对上的 Reads,使用 Picard SAM/BAM 比对汇总指标(v1.56.0)。使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 可提高比对率,并降低非正确匹配和嵌合序列。

NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L

 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 能修复 FFPE DNA 样本中存在的大量胞嘧啶脱氨损伤。选用两种 50 ng 不同质量的正常肝脏 FFPE DNA 样本(DIN 2.0 和 DIN 1.8,),使用或未使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复后,采用 NEBNext® UltraII DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)制备文库后,使用 Illumina NextSeq® 500 测序。向下抽样 100 万个双端 Reads,并使用 Bowtie2(v2.3.2)将 Reads 与 GRCh38 人类参考基因组(RefSeq 884148)进行比对。根据等式MAX([C T]-[G A])/([NC]+[NG]),EXP(-10)),使用 MarkDuplicates(v1.56.0)分析比对上的 Reads,使用 Tasmanian(V0.1.3)分析 dCdT(CT)突变。(a):在 Read 1 和 Read 2 中,绘制了 CT 突变频率与 Read 位置(0 – 75 bp)的函数关系图。当使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复后,在两个不同的 FFPE DNA 样本中,这些 CT 突变的丰度和位置偏差都显著降低。(b):Read 2 中的错误突变被量化为总频率。图中结果是每种情况下的两个重复数据。

NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L
NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 能修复 FFPE 和非 FFPE DNA 样本中的氧化损伤。
A:选用两种 25 ng 不同质量不同组织的正常 FFPE DNA 样本,比较使用或未使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复的文库结果。使用 NEBNext® UltraII DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)制备文库,并使用 Illumina NextSeq® 500 测序,向下抽样 200 万 Reads,并使用 Bowtie2(v2.3.2)将 Reads 与 GRCh38 人类参考基因组进行比对。使用 MarkDuplicates(v1.56.0)和 Tasmanian(V0.1.3)分析比对上的 Reads。Read 1 中绘制了每个文库 2 个重复数据中 dCdT(CT)突变频率。根据等式 MAX([G T]-[C A])/([NG]+[NC]),EXP(-10))计算 dCdT(CT)突变。
B:以在水*或 Tris-EDTA pH 8.0 中超声打断的 100 ng 人类基因组 DNA 为起始样本,使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 和 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)制备文库。使用 Illumina NextSeq® 500 测序,向下抽样 200 万 Reads,并如上所述分析 GT 突变频率。*注:Covaris 厂家不建议在水中超声打断 DNA,此处用作人为氧化损伤的底物。
 
NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L
与 UDG 处理相比,NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 提高了文库产量。选用四种 50 ng 不同质量不同组织的正常 FFPE DNA 样本(FFPE #1-3,DIN 2.0 和 FFPE #4,DIN 6.7),在使用 NEBNext® UltraII DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)制备文库前,使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2、UDG(NEB #M0280)处理或未处理。虽然 UDG 可以切除起始 DNA 中的 dU 碱基,但 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 则可以完全修复这些损伤位点,并提高最终文库产量(图 2、3、7)和各项指标(图 4)。
NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L

 

使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 减少了由胞嘧啶脱氨而引起的体细胞突变中的假阳性。以四种 100 ng 不同质量不同组织的的 FFPE DNA 为起始样本,使用 NEBNext® FFPE DNA 修复混合液(NEB #M6630)或 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2,NEBNext® Unique 双端 Index 引物,UMI 接头(NEB #E7395)和 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645),10 个 PCR 循环制备文库。使用 custom cancer hotspot panel(Twist Bioscience®)捕获文库,使用 Illumina NextSeq® 2000 测序。所有 fastq 文件向下抽样相同 Reads(新鲜冻存的 Reads 为 2 x 1800万,FFPE 的 Reads 为 2 x 1300 万)。使用 fastp(0.20.0 版本)修剪双端 Reads,并使用 BWA mem(0.7.17 版本)进行比对。picard(2.20.6)中 Markduplicate 使用 UMI 信息。在 fgbio(0.8.1)中处理 UMI 信息以获得共有序列 Reads。体细胞突变从 strelka2(2.9.10)程序 bam 文件调出,数据已用 UMI 矫正了重复序列。根据每种情况的绘制体细胞突变图。NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 可提高胞嘧啶脱氨修复(CT/GA)效率,并有效修复氧化损伤(GT/CA)。

 

 

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠) 货 号 #E7400L-NEB酶试剂

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产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于所有测序平台/模块和酶

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#E7400L
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相关产品

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)- 含 RNA 纯化磁珠

产品特点:

· 高效去除人、小鼠、大鼠 RNA 中的 rRNA

· 可去除细胞质 rRNA(包括 5S rRNA、5.8S rRNA、18S rRNA、28S rRNA、人 ITS 和人 ETS)和线            粒体 rRNA(12S rRNA 和 16S rRNA)
· 起始量范围广:10 ng-1 μg
· 同时适用于低质量和高质量 RNA 样本
· 超快速工作流程:仅需 2 小时,手动操作时间少于 10 分钟
· 可提供 RNAClean 磁珠
 

概述:

 高丰度的核糖体 RNAs(rRNAs)占总 RNA 的 80-90%,进行二代测序和其它应用前需要在上游实验中将其去除。NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 优化了试剂、探针和操作手册,去除效果更卓越。基于 RNAse-H 的高效工作流程和紧密的探针间距,能高效地从低质量和高质量 RNA 中去除 rRNA,针对广泛的起始量范围亦同样有效。

产品描述:

 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)            货   号                  #E7400L

从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中,NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效富集目的 RNAs。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA(1 µg、100 ng 和 10 ng)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从每个文库中抽取(seqtk)1000 万个 Reads,并使用 Mirabait(6 个或更多,25-mers)鉴定去除文库中的 rRNA 残留,人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS;小鼠/大鼠 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明:从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中,NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效去除 rRNA。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)            货   号                  #E7400L

使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2,不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA(1 µg)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒分别对去除后和未去除的 RNA 制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从去除后的文库中抽取(seqtk)1000 万个 Reads,从未去除的文库中抽取 1 亿个 Reads。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明:测试的所有物种去除 rRNA 后转录表达水平与未去除文库一致。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)            货   号                  #E7400L

不同起始量情况下,样本文库之间都保持一致的转录表达相关性。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA(1 µg)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明:测试的所有起始量转录表达相关性保持一致。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)            货   号                  #E7400L

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 在保证转录本丰度的同时,能有效地从降解的 FFPE 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)(A、B、C)和 TruSeq® Stranded Total RNA Gold Kit(A)从成人正常肝组织 FFPE 总 RNA(RIN 2.3,100 ng 和 10 ng)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从去除后的文库中抽取(seqtk)2000 万个 Reads,从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。图(A)使用 Mirabait(6 个或更多,25-mers)鉴定去除文库中的 rRNA 残留,人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值,误差条表示标准差。(B)和(C)使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明:NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)能从 FFPE(降解的)样本中高效去除 rRNA,并可灵活应用于低起始量,且在不同起始量情况下,去除后的转录表达相关性也保持一致。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)            货   号                  #E7400L

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 能从人类总 RNA 中同时去除成熟的 rRNA 和 rRNA 前体。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒(人/小鼠/大鼠)(NEB #E6310)和 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)(NEB #E7400)从人通用参考总 RNA(1 µg)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从每个文库中抽取(seqtk)1000 万个 Reads,使用 Mirabait(6 个或更多,25-mers)鉴定去除文库中的 rRNA 残留,人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明:NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 能高效去除 rRNA。
 
试剂盒包括:
NEBNext® DNase I
NEBNext® 耐热 RNase H
NEBNext® v2 rRNA 去除液
RNase H 反应缓冲液
DNase I 反应缓冲液
无核酸酶污染的水
NEBNext® 探针杂交缓冲液

 

 

 

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)- 含 RNA 纯化磁珠 货 号 #E7405L-NEB酶试剂

上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs(NEB)酶试剂全线产品,欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于所有测序平台/模块和酶

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NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)

 

产品特点:

·高效去除人、小鼠、大鼠 RNA 中的 rRNA

·可去除细胞质 rRNA(包括 5S rRNA、5.8S rRNA、18S rRNA、28S rRNA、人 ITS 和人 ETS)和线粒体 rRNA(12S rRNA 和 16S rRNA)
· 起始量范围广:10 ng-1 μg
· 同时适用于低质量和高质量 RNA 样本
· 超快速工作流程:仅需 2 小时,手动操作时间少于 10 分钟
· 可提供 RNAClean 磁珠
 

概述:

 高丰度的核糖体 RNAs(rRNAs)占总 RNA 的 80-90%,进行二代测序和其它应用前需要在上游实验中将其去除。NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 优化了试剂、探针和操作手册,去除效果更卓越。基于 RNAse-H 的高效工作流程和紧密的探针间距,能高效地从低质量和高质量 RNA 中去除 rRNA,针对广泛的起始量范围亦同样有效。

产品描述:

 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)- 含 RNA 纯化磁珠            货   号                  #E7405L

从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中,NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效富集目的 RNAs。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA(1 µg、100 ng 和 10 ng)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从每个文库中抽取(seqtk)1000 万个 Reads,并使用 Mirabait(6 个或更多,25-mers)鉴定去除文库中的 rRNA 残留,人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS;小鼠/大鼠 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明:从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中,NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效去除 rRNA。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)- 含 RNA 纯化磁珠            货   号                  #E7405L

使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2,不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA(1 µg)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒分别对去除后和未去除的 RNA 制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从去除后的文库中抽取(seqtk)1000 万个 Reads,从未去除的文库中抽取 1 亿个 Reads。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明:测试的所有物种去除 rRNA 后转录表达水平与未去除文库一致。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)- 含 RNA 纯化磁珠            货   号                  #E7405L

不同起始量情况下,样本文库之间都保持一致的转录表达相关性。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA(1 µg)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明:测试的所有起始量转录表达相关性保持一致。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)- 含 RNA 纯化磁珠            货   号                  #E7405L

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 在保证转录本丰度的同时,能有效地从降解的 FFPE 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)(A、B、C)和 TruSeq® Stranded Total RNA Gold Kit(A)从成人正常肝组织 FFPE 总 RNA(RIN 2.3,100 ng 和 10 ng)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从去除后的文库中抽取(seqtk)2000 万个 Reads,从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。图(A)使用 Mirabait(6 个或更多,25-mers)鉴定去除文库中的 rRNA 残留,人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值,误差条表示标准差。(B)和(C)使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明:NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)能从 FFPE(降解的)样本中高效去除 rRNA,并可灵活应用于低起始量,且在不同起始量情况下,去除后的转录表达相关性也保持一致。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)- 含 RNA 纯化磁珠            货   号                  #E7405L

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 能从人类总 RNA 中同时去除成熟的 rRNA 和 rRNA 前体。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒(人/小鼠/大鼠)(NEB #E6310)和 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)(NEB #E7400)从人通用参考总 RNA(1 µg)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从每个文库中抽取(seqtk)1000 万个 Reads,使用 Mirabait(6 个或更多,25-mers)鉴定去除文库中的 rRNA 残留,人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明:NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 能高效去除 rRNA。
 
试剂盒包括:
NEBNext® DNase I
NEBNext® 耐热 RNase H
NEBNext® v2 rRNA 去除液
RNase H 反应缓冲液
DNase I 反应缓冲液
无核酸酶污染的水
NEBNext® 探针杂交缓冲液
NEBNext® RNA 纯化磁珠